穆钧长期致力于传统村落与民居保护、传统建造技术的发掘改良与现代化应用、村镇建设可持续发展等方面的研究、实践、培训与教学工作。先后主持完成国家级课题2项，省部级科研课题18项，获得国家专利10余项，发表学术论文30余篇，出版专著3部、参编1部。相关成果先后获得世界人居奖、3次联合国教科文组织文化遗产保护“创新设计奖”、2次WAF世界建筑节佳作奖等20余项国内外专业奖项。

　　穆钧先后主持《中国农村住房抽样调查研究》等多项住建部研究课题，通过近千个传统村落的实地调查研究，系统发掘和整理了大量濒临失传且具有生态应用潜力的传统营建工艺，并作为工作组副组长率队编写出版了《中国传统民居类型全集》，“基本全面地掌握了我国传统民居的分布和现状，破解了长久以来我国传统民居分类难题，展示了中国传统民居的全貌，是具有重要价值的建筑历史文献”（引自住建部序言）。 在技术研发方面，穆钧针对我国应用最为广泛的传统生土建造技术，通过在全国范围内的实地调查和传统营造经验的科学化提炼，研发出成套生土施工机具和建造技术系统，创建了可满足多种建造需求的现代生土建筑设计方法和构造技术体系，有效克服了传统生土的固有缺陷。在住建部的推动下，穆钧率队通过在甘肃、湖北、河北等具有生土建造传统的17个省地区完成的近200项示范建设以及试验检测证明，新型夯土民居可满足我国8度地震设防烈度的要求，而其平均造价仅为当地常规砖混结构民居的2/3，其施工能耗与碳排放分别仅为后者的1/4和1/5，显现出突出的生态性价比和良好地域适应性。该成果对于全面推进“乡村振兴”与“坚定文化自信”国家战略，具有十分重要的意义，不仅已被列为“精准扶贫”、“农村危房改造”与“传统村落保护”重点推广技术，而且已成功应用于“洛阳二里头国家遗址博物馆”、“2019北京世界园艺博览会生活馆”等大型公建项目，培训4个县级施工企业和2个国家特级施工企业。